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Mathieu Basille
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Une introduction à l’étude de la sélection d’habitat par la faune sauvage.

Par Mathieu Basille.

Informations pratiques

Description

La formation porte sur la sélection d'habitat à l'aide d'analyses multivariées (basées sur le concept de niche écologique), à différentes échelles spatiales et écologiques. Elle s'appuie essentiellement sur les outils du package adehabitat pour R.

En particulier seront abordés la théorie de la sélection d'habitat, ainsi que le concept de niche écologique. Les différentes méthodes multivariées mises en avant comprendront :

La formation se base sur un jeu de données réel (mais simplifié) d'un suivi de sangliers dans le site de Puéchabon (France). Ce jeu de données fournira le fil directeur de la formation, de l'importation à l'analyse individuelle de sélection, en passant par l'analyse de sélection à l'échelle de la population.

Pré-requis

Il sera demandé de venir avec son propre ordinateur. Le travail s'effectuera si besoin en binômes pour favoriser les interactions. Le logiciel R devra être installé (la page officielle de R), ainsi que le package adehabitat.

Pour installer adehabitat, ouvrez une session R, puis entrez :

  > install.packages("adehabitat")

Pour avoir accès à tous les packages utiles liés directement ou non à adehabitat, on utilisera plutôt la commande :

  > install.packages("adehabitat", dependencies = TRUE)

La formation ne propose pas d'introduction à R, et suppose que l'utilisation de R ne pose pas de difficulté particulière. Il sera donc préférable d'avoir déjà utilisé le logiciel pour en comprendre le fonctionnement (pour autant, il n'est pas nécessaire d'avoir un niveau avancé sous R). Un très bon tutoriel est disponible en français pour débuter sous R :

Pour aller plus vite, je propose toutefois un tutoriel rapide pour prendre en main R, à voir avant la formation.

Les méthodes présentées reprennent les principes de base de l'analyse en composantes principales. Une connaissance préalable de l'ACP n'est pas indispensable mais favorisera la compréhension des autres méthodes.

[last update: 2010/06/02]